Πριν από δύο δεκαετίες, οι επιστήμονες δεν ήξεραν πολλά πράγματα για τα μικρόβια που ζουν στο έντερό μας αλλά τώρα έχουν ανακαλύψει μερικούς από του κρυφούς ρόλους τους. Το 70% των λευκών αιμοσφαιρίων βρίσκονται στο παχύ έντερο και φαίνεται πως είναι αλληλένδετα με τα μικρόβια που κατοικούν εκεί.
Το μικρόβια ζουν τρώγοντας μέρος της τροφής μας που φτάνει στο έντερο αλλά δεν τρώνε όλα τα είδη το ίδιο φαγητό. Ανάλογα με το τι τρώμε, μια ομάδα μπορεί να δυναμώσει και μια άλλη να εξασθενεί. Εάν καταργήσετε οριστικά μια ομάδα τροφίμων, τα μικρόβια που ευδοκιμούν με αυτό το φαγητό θα αποδεκατιστούν. Με άλλα λόγια, επηρεάζουμε, με την τροφή μας, τις ισορροπίες που επικρατούν στο έντερό μας. Ο κύκλος ζωής των μικροβίων είναι τόσο γρήγορος που οι επιλογές του φαγητού μας μέσα σε μια ημέρα μπορούν να αλλάξουν την εξέλιξη 50 γενεών μικροβίων.
Όταν επιλέγουμε τροφές που περιέχουν φυτικές ίνες, τα υγιή βακτήρια διατηρούνται σε φόρμα και μειώνουν τη φλεγμονή, βελτιώνοντας το μεταβολισμό μας, την ανοσολογική λειτουργία, την ορμονική ισορροπία και την ψυχολογική μας διάθεση. Εάν ενοχληθούν επειδή δεν βρίσκουν τροφή, αυτό θα διαταράξει τις ισορροπίες και κατά συνέπεια το ανοσοποιητικό. Το μυστικό όπλο της τροφής μας είναι οι φυτικές ίνες και κυρίως οι διαλυτές (βρώμη, όσπρια, εσπεριδοειδή, ξηροί καρποί). Μέσω αυτών ρυθμίζεται η φλεγμονώδης αντίδραση του σώματός, για παράδειγμα, αυξάνεται η έκκριση μιας αντιφλεγμονώδους πρωτεΐνης, της ιντερλευκίνης-4, που προστατεύει από λοιμώξεις.
Ένας βασικός τρόπος που το μικροβίωμα επηρεάζει το ανοσοποιητικό είναι μέσω της παραγωγής λιπαρών οξέων βραχείας αλυσίδας. Αυτά τα λιπαρά είναι οι κύριοι μεταβολίτες που παράγονται στο παχύ έντερο από τη βακτηριακή ζύμωση των φυτικών ινών και του ανθεκτικού αμύλου. Εικάζεται ότι διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση των νευρο-ανοσοενδοκρινών αλλά οι μηχανισμοί παραμένουν ασαφείς.
Μια μελέτη του Πανεπιστημίου Keio, στο Τόκιο της Ιαπωνίας, συμπέρανε πως αν και απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να κατανοήσουμε τους ακριβείς μηχανισμούς με τους οποίους τα λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας ρυθμίζουν την εντερική λοίμωξη, επηρεάζουν τη δραστηριότητα των ανοσοκυττάρων, συμπεριλαμβανομένων των μακροφάγων και προστατεύουν από τον αποικισμό των εντερικών παθογόνων, όπως της σιγκέλα, του κολοβακτηριδίου, και της σαλμονέλας.